O jogo se passa nas fictícias ilhas Wumpa, um arquipélago situado na costa noroeste da Austrália (ver início de Crash Bandicoot 3 onde a nave do Dr. Neo Cortex cai na ilha) e possui 32 fases, sendo seis delas de chefes e duas fases secretas. Com exceção dos chefes, todas as fases contém caixas a serem quebradas. Se todas as caixas forem quebradas e o jogador chegar ao final da fase sem morrer, ou morrer antes do primeiro check point da fase, ganhará um diamante. Esses diamantes são importantes porque habilitam o final secreto na fase “The Great Hall” (“A grande varanda”). As caixas podem conter vários itens úteis, como Frutas Wumpa, Moedas (Figuras) de Bônus que são do Dr. Neo Cortex (só há apenas 2 e servem para abrir as fases secretas), Dr. Nitrus Brio e da Tawna, Moedas (Figuras) de Crash e Máscaras de Aku Aku.