O Dr. Neo Cortex não se tornou um cientista feliz quando Crash Bandicoot destruiu os seus planos de dominar o mundo. Mas depois descobriu que um alinhamento planetário estava prestes a espalhar desgraça ao nível global – e só um conjunto de cristais especiais podia inverter esta energia estelar emergente. Decidido a redimir-se das suas atitudes malvadas, Cortex depressa desenvolveu um Cortex Vortex alimentado a cristais.

São necessários mais 25 cristais para evitar a catástrofe, e Crash é o único herói com hipóteses de os recolher. Crash já salvou o planeta do Cortex, mas conseguirá voltar a salvá-lo, com o Cortex?