Mako: a descoberta deste recurso natural retirado diretamente da força de vida do planeta marcou o surgimento de uma nova era e agora a energia sustenta a vida das pessoas em todo o mundo. Entretanto, a Shinra Company monopolizou a produção de mako e, com isso, estabeleceu uma poderosa hegemonia. Sua influência alcança os quatro cantos do globo.

Cloud, um ex-membro da organização militar de Shinra, SOLDIER, junta-se ao grupo de resistência anti-Shinra AVALANCHE, apesar de não dar muita importância aos seus ideais. Durante uma das investidas do grupo para deter a empresa, eles ficam sabendo do retorno de Sephiroth, inimigo de Cloud. Com a sua volta, o planeta está ainda mais em perigo do que imaginavam.

Com o destino do mundo dependendo do seu êxito, Cloud e seus aliados saem para combater essa ameaça mortal.