O personagem principal em Limbo é um menino anônimo que desperta no meio de uma floresta na “beira do inferno”.

O menino procura sua irmã desaparecida, e encontra apenas alguns personagens humanos que atacam e fogem dele.

Uma vez na jornada, o menino captura um vislumbre de uma personagem feminina, mas ela desaparece antes que ele possa alcançá-la.

Eventualmente, a floresta cede a um cenário de uma cidade em desmoronamento.

Na conclusão do quebra-cabeça final, o menino é jogado em um painel de vidro e termina na floresta novamente.

O menino continua percorrendo até encontrar uma menina.

Quando ele se aproxima, ela se levanta, assustada; o jogo repentinamente termina neste ponto.