Nioh é ajustado em 1600 dentro de uma versão ficcional fantasiada da fantasia do período atrasado de Sengoku, uma época em que os clãs de Japão estavam na guerra antes da unificação sob o shogunate de Tokugawa eo começo do período de Edo. Entre os combates e altos mortos, os yokai apareceram e começaram a causar estragos em toda a terra: as principais ameaças de yokai que aparecem no jogo incluem Hinoenma, Jorogumo e um Yuki-onna nascido do espírito da esposa de Oda Nobunaga seguindo o Honno Incidente.