Seis anos após os acontecimentos de Resident Evil 2, o ex-policial Leon Scott Kennedy é enviado em uma missão para resgatar Ashley Graham, filha do presidente dos Estados Unidos, que foi raptada por uma seita misteriosa. Ele viaja para uma aldeia rural na Europa, onde encontra um grupo de moradores violentos que dedicam suas vidas para os Los Illuminados , o culto que sequestrou Ashley.